どうして「インフルエンザ」という似た名前の細菌（＝インフルエンザ菌）とウイルス（＝インフルエンザウイルス）がいるかと申しますと、１８９２年インフルエンザ流行時に患者さんの痰から検出された細菌が、当時はインフルエンザの原因微生物と考えられ、Pfeiffer influenza bacillusと呼ばれておりました。
その後にインフルエンザウイルスが発見され、このウイルスこそがインフルエンザを引き起こす病原体であることが明らかになりました。しかし、先に発見された細菌についても、発見の歴史をその名に残してHaemophilus influenzae（インフルエンザ菌）と命名されました。
このため、似た名前になったというわけです。
（インフルエンザ菌）
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（参考：戸田新細菌学 改訂３４版 南山堂より）